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LightRun Services

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  • LightRun Services

 

 

Bequeme Sanger-Sequenzierung von vorgemischten Proben in Tubes und Platten mit LightRun

  
Verwenden Sie Ihre eigenen Tubes oder Platten für die Einsendung vorgemischter Proben.

 

 

Prepaid Tube Barcodes

LightRun 96 Barcodes

LightRun 384 Echo Plate

 

Highlights unseres LightRuns:



State-of-the-Art-Prozess

  • Vollautomatisierte Sequenzierung vorgemischter Proben in Einzeltubes, 96- oder 384-Well-Platten
  • Nutzen Sie unsere vorfrankierten Barcode-Etiketten für die Einsendung Ihrer Tubes oder Platten
  • Einzelne Barcodes ganz einfach an andere Personen übertragen
  • Verfolgen Sie den Status Ihrer Bestellungen online
  • Laden Sie Ihre Ergebnisse unter „Meine Bestellungen“ herunter


Maximaler Komfort

  • Einfach Tubes oder Platten bereitstellen – keine Online-Bestellung erforderlich
  • Senden Sie uns Ihre Proben mit unserem kostenlosen Abholservice
  • Nutzen Sie unsere Probenbeutel und Boxen für den Versand
  • Profitieren Sie von unseren vordefinierten Standard-Primern

 




Exzellente Qualität & Service

  • Erhalten Sie Ihre Daten bereits am nächsten Tag
  • Leselängen von bis zu 1100 hochwertigen Basen
  • Die Sequenzierdaten werden standardmäßig in folgenden Dateiformaten bereitgestellt:
    • .ab1-Dateien – ABI-Tracedateien mit allen verfügbaren Rohdaten
    • .scf-Dateien – Tracedateien mit Basenerkennung und Qualitätswerten
    • .seq-Dateien – Gekürzte & ungekürzte FASTA-Sequenzen
    • .phd.1-Dateien – Enthalten Basenerkennung und Qualitätsinformationen
    • .pdf-Qualitätsreport – Tracedatei mit Qualitätswerten
    • FASTA-Datei mit allen Sequenzen

 

 

 

>> FAQ's Sanger

>> Primers

>> Mix2Seq

>> Mix2Seq Kits

 

 

Weiterführende Information

 

 

Probenvorbereitung & Versand LightRun Tubes


Probenvorbereitung:

Legen Sie 5 µl gereinigte Template-DNA mit einer der folgenden Konzentrationen vor:

  • Aufgereinigte Plasmid-DNA:
    50 - 100 ng/µl
  • Aufgereinigte PCR-Produkte:
    150-300 bp:        1 ng/µl
    300-1000 bp:      5 ng/µl
    1000 - 3000 bp: 10 ng/µl

Fügen Sie 5 µl Primer mit einer Konzentration von 5 pmol/µl (5 µM) hinzu

Senden Sie die Probenmenge von insgesamt 10 µl bitte in 1,5 ml-Tubes

Damit die bestmögliche Qualität der Sequenzdaten erreicht wird, muss die Gesamtmenge der Probe mindestens 10 µl betragen.

Wir empfehlen die Messung der DNA-Konzentration auf einem Agarose-Gel.

 

Probenversand:

 

Konditionen:

Es muß gereinigte DNA verwendet werden. Sequenzierungsreaktionen können nicht wiederholt werden und alle Reaktionen werden berechnet. Proben werden nicht gelagert. Für Proben mit schwer lesbaren Sequenzabschnitten (GC-reich, Haarnadelstrukturen...) empfehlen wir unseren TubeSeq Supreme Service.

 

Probenvorbereitung & Versand LightRun Plates


Probenvorbereitung:

  • Bestellen Sie zuerst unsere LightRun 96-Barcodes und kennzeichnen Sie Ihre 96-Well-PCR-Platte mit V-förmigen Wells mit dem entsprechenden Barcode-Label
  • Verwenden Sie unsere LightRun 384 Echoplatte, um Ihre Proben im 384-Well-Format einzureichen
  • Templates sollten aus 5 µl aufgereinigter DNA in einer der unten angegebenen Konzentrationen bestehen
  • Fügen Sie 5 µl Primer mit einer Konzentration von 5 pmol/µl hinzu
  • Das Gesamtvolumen Ihrer voreingestellten Proben muss 10 µl betragen
  • Füllen Sie für den LightRun 48 die Platte von A1 bis H6
  • Verschließen Sie Ihre 96well Platten mit 8-Cap Strips, um Materialverluste zu verhindern
  • Verwenden Sie unsere selbstklebende Plattenfolie, um die LightRun 384 Echo Platte abzudichten
  • Versenden Sie die Proben bei Raumtemperatur an unser Sequenzierlabor

 

Probenart
Produktlänge
Konzentration
Volumen
Plasmid DNA --- 80-100 ng/µl 5 µl
Gereinigte PCR Produkte 150-300 bp 2 ng/µl 5 µl
  300-1000 bp 12 ng/µl 5 µl
  1000-3000 bp 25 ng/µl 5 µl

 

Konditionen:

Es muß gereinigte DNA verwendet werden. Sequenzierungsreaktionen können nicht wiederholt werden und alle Reaktionen werden berechnet. Proben werden nicht gelagert. Für Proben mit schwer lesbaren Sequenzabschnitten (GC-reich, Haarnadelstrukturen ...) empfehlen wir unseren PlateSeq Supreme Service.

 

Sequenzier-Primer


Optimale Primer Bedingungen:

  • Primer dürfen keine Phosphorylierung oder Fluoreszenzfarbstoffe enthalten
  • Die optimale Primerlänge liegt zwischen 16 und 25
  • Die Schmelztemperatur des Primers sollte 50 - 62°C betragen
  • Der GC-Gehalt des Primers sollte bei 35-60 % liegen
  • Idealerweise sollte ein G oder C am 3’-Ende liegen
  • Die Anzahl der 3' Gs oder Cs sollte nicht größer als 2 Gs oder Cs sein
  • Wenn möglich, vermeiden Sie >3 identische Basen hintereinander in der Sequenz

 

Aufbewahrungszeiten


Probenlagerung:

Vorgemischte Proben werden nicht gelagert.

 

Datenspeicherung:

Sequenzdaten erhalten Sie immer als folgende Dateien und sind für 6 Monate online verfügbar:

  • .ab1 Rohdaten - Original ABI Elektropherogramme
  • .scf Datei - Standard Elektropherogramm mit Qualitätswerten
  • .seq Datei - Textdatei mit FASTA Sequenzen
  • .phd.1 Datei - Textdatei mit Qualitätswerten pro gelesener Base
  • .pdf Qualitätsreport - Elektropherogramm mit Qualitätswerten
  • FASTA file mit allen Sequenzen

 

 

Literatur

 

LightRun Tube sample submission guide

 

LightRun Plate sample submission guide

Free standard primers

 

Sequencing result guide

 

 

 

 

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