Anwendungen für Whole Plasmid Sequenzierung
Die Sequenzierung ganzer Plasmide mit der NGS Gen 3-Technologie ist eine leistungsstarke und genaue Methode zur Charakterisierung und Analyse von Plasmiden, wodurch sie sich für eine Vielzahl von Anwendungen gut eignet.
- Plasmid-Verifizierung
- Resequenzierung ganzer Genome
- Assemblierung von Genomen
- Identifizierung von taxonomischen Hintergrund
- Metagenomische Analyse von langen Reads
Einführung
Neuartige Nanopore-Technologie wird verwendet, um sehr lange Sequenzen von mehreren Kilobasen zu erhalten. Es ist eine leistungsstarke Methode zur Charakterisierung und Analyse von Plasmiden, bei denen es sich um kleine, kreisförmige DNA-Stücke handelt, die sich unabhängig vom Genom replizieren können. Die Verwendung von ONT für die Sequenzierung ganzer Plasmide bietet mehrere entscheidende Vorteile:
- Hoher Durchsatz: ONT ermöglicht die Hochdurchsatz-Sequenzierung mehrerer Proben in einem einzigen Lauf und ist somit ideal für groß angelegte Studien und Projekte.
- Lange Leselängen: ONT generiert lange, kontinuierliche Leselängen, die besonders nützlich für die Sequenzierung großer Plasmide oder für den Zusammenbau komplexer Plasmidstrukturen sind.
- Hohe Genauigkeit: ONT hat eine hohe Genauigkeitsrate, wodurch es für eine Vielzahl von Anwendungen geeignet ist, einschließlich Plasmid-Engineering, Qualitätskontrolle und Identifizierung genetischer Mutationen..
- Hohe Auflösung: ONT liefert hochauflösende Daten, die es Forschern ermöglicht, selbst subtile Unterschiede in Plasmidsequenzen genau zu identifizieren und zu charakterisieren.
- Vielseitigkeit: ONT ist für eine breite Palette von Probenarten geeignet, einschließlich Plasmiden mit niedriger Kopienzahl, was es zu einem vielseitigen Werkzeug für die Plasmidanalyse macht.
Bitte liefern Sie uns Ihre Proben in Konzentration und Volumen wie folgt:
|
Probenart
|
Größen-Kategorie
|
Länge
|
Konzentration |
Min. Volumen |
Lieferzeit |
Plasmid
|
Regular |
2.5 - 25 kbp |
30 ng/µl |
20 µl |
1-2 Tage |
| Large |
25 - 125 kbp |
50 ng/µl |
30 µl |
5-7 Tage |
| XL |
125 - 300 kbp |
50 ng/µl |
50 µl |
5-7 Tage |
Bitte senden Sie uns Ihre Proben wie unten beschrieben:
- Verwenden Sie 1,5ml „Safe Lock“-Tubes für Ihre Plasmide
- Als Puffer für Ihre Proben verwenden Sie bitte Nuklease-freies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5)
- Bitte verwenden Sie keine spektrophotometrische Methode für die Quantifizierung (zBsp Nanodrop). Die Werte schwanken zu stark. Bitte verwenden Sie stattdessen eine fluormetrische Methode, wie zum Beispiel Qubit. Nur so kann eine gute Datenqualität am Ende sichergestellt werden.
- Verkleben oder umwickeln Sie Ihre Tubes nicht mit Parafilm. „Safe Lock“-Tubes sind viel besser geeignet, denn sie schließen perfekt ab und schützen vor Verdunstung
- Etikettieren Sie Ihre Proben mit unseren kostenfreien Barcode Labels. Bringen Sie das Etikett horizontal an
Wie und wohin Sie Ihre Proben versenden:
- Nutzen Sie entweder eine DropBox in Ihrer Nähe zur kostenlosen Probenabholung oder einen Kurierdienst Ihrer Wahl
- Für den Versand Ihrer Proben können Sie bequem eine unserer Versandoptionen nutzen
- Um Ihre Proben sicher an uns zu senden, nutzen Sie unsere "Sample Paper Boxes" oder "Tube Bags"
- Senden Sie Ihre Proben an unser Eurofins Genomics Sequenzierungslabor in Köln, Deutschland
Die folgenden Dateien werden für jede Probe erstellt
- Datenanalyse-Report im HTML Format
- Assemblierte Plasmidsequenz mit Qualitätswert für jede Nukleotidposition
- Assemblierte Plasmidsequenz im FASTA Format
- Annotierte Plasmidsequenz im GENBANK Format
- Qualitätswert für jede Base
- Rohdaten der Plasmidsequenz als FASTQ Text-Dateien
- Annotierte "Feature" Tabelle, die die Nukleotidsequenz von jedem "Feature" in Tabellenformat enthält
Keine Auslieferung der Pod5 und FASTQ Dateien, die nicht zur Konsensus zuzuordnen sind.
Falls Sie die Pod5 oder auch FASTQ Dateien benötigen, die nicht der Konsensus-Sequenz zugeordnet werden können, dann kontaktieren Sie uns bitte bezüglich unseres Premium-Services.
Was ist ein WPS Premium Service?
Ihre Proben werden auf einer frischen Flow Cell analysiert, die ausschließlich für Ihre Proben verwendet wird (kein Pooling). Nach dem Lauf wird die Flow Cell entsorgt.
Wann sollte ich diesen Service bestellen?
Wie in unserem FAQ zum Thema Index-Hopping beschrieben, kann es während eines Laufs vorkommen, dass:
- Einige Einzelreads Ihrer Proben in andere Proben überlaufen.
- Einige Einzelreads aus anderen Proben in Ihre Proben überlaufen.
Um dies vollständig zu vermeiden, sollten Sie unseren Premium Service bestellen. Bei diesem Service verwenden wir eine Flow-Zelle ausschließlich für Ihre Proben und entsorgen sie direkt nach der Verwendung.
Wie kann ich den Premium Service bestellen?
Der Premium Service ist nur für Proben verfügbar, die in Platten eingesandt werden. Während der Bestellung markieren Sie bitte das Kästchen "Premium Service" auf der Bestellseite. Bitte beachten Sie, dass für diesen Service zusätzliche Kosten anfallen.
