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Custom DNA Oligos

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Spezifizieren Sie Ihr optimales Oligo für Ihre Applikation

 
Wählen Sie aus einer Vielzahl von Modifikationen, Reinigungsarten und Synthesemaßstäben.

 

DNA Oligos in Tubes

DNA Oligos in Platte

Large scale oligos

Spezialanfragen

 

Custom DNA Oligos in Tubes

 

  • Große Auswahl an DNA Modifikationen
  • Synthesemaßstäbe von 0.01 µmol bis 10 µmol
  • Reinigungsarten: Salt Free, HPSF, HPLC
  • Sequenzlängen:
    • 10 - 120 Basen für unmodifizierte Oligos
    • 10 - 80 Basen für modifizierte Oligos; 10 - 50 Basen für spezielle 3' Modifikationen
  • Qualitätskontrolle durch OD-Messung und MALDI-TOF MS
  • Lieferung in 2ml Mikro-Schraubröhrchen
  • Lieferformat: Lyophilisiert oder Normalisiert auf die gewählte Konzentration
  • Aliquotierung wählbar

 

Custom DNA Oligos in Platte

 

  • Vielzahl von DNA Modifikationen
  • Synthesemaßstäbe: 0.01 µmol, 0.05 µmol und 0.2 µmol
  • Reinigungsarten: Salt Free, HPSF, HPLC
  • Sequenzlängen:
    • 10 - 120 Basen für unmodifizierte Oligos
    • 10 - 80 Basen für modifizierte Oligos
  • Qualitätskontrolle durch OD-Messung und MALDI-TOF MS
  • Lieferformat: Normalisiert auf die gewählte Konzentration
  • Mischen von forward und reverse Primern
  • Bestellung von Aliquot-Platten möglich

 

 

 

>> FAQ's Oligonukleotide

>> Oligo Analysis Tool

>> Application oligos

>> qPCR Probes Portfolio

 

 

Weiterführende Informationen

 

 

Salt Free Oligos


Oligosynthese und Aufbereitung im Ultrahochdurchsatz.

  • Erhältlich für alle unmodifizierten Oligos
  • Frei von Schutzgruppen und Salzen
  • Präzise Quantifizierung - Abweichung von max. +/- 20%
  • Produktionszeiten für < 60mere, 0,01 - 1,0 µmol: 1-3 Arbeitstage
  • Produktionszeiten für > 61mere oder 10µmol Scale: 4-10 Arbeitstage


Nutzen Sie unsere NightXpress-Lieferung, indem Sie Ihre SaltFree Oligo Bestellung vor 9:00 Uhr aufgeben.


Minimum und durchnittliche Ausbeuten in OD: 

Länge [Basen] /
Synthesemaßstab
10 - 17
18 - 35
36 - 50
51 - 80
81 - 120
0.01 µmol
minimum  3.0 4.0 7.0 xxx xxx
durchschn. 6.0 8.5 14.5 xxx xxx
0.05 µmol minimum   4.0 6.0  10.0  10.0  10.0 
durchschn.  8.0 12.5  20.0  25.0  30.0 
0.20 µmol minimum  10.0 12.0 20.0 25.0 25.0
durchschn. 20.0 25.0  40.0  35.0  na 
  1.0 µmol minimum  30.0 35.0  50.0  60.0  60.0 
durchschn. na na na  na  na 
   10 µmol minimum   300 500 400  400  200 
durchschn. na na na na na


Typischer Ausbeute- und Reinheitswert für ein 20mer; Berechnung: 1 OD = 5 nmol = 30 μg; kann für Sequenzen mit einem GC-Gehalt > 70%, > 3 Purin-Strecken oder starken Sekundärstrukturen variieren.

Der Synthese-Scale gibt die anfängliche Menge der 3'-Basen an. Es gibt keine OD-Garantie für Oligos < 18 und > 35 Basen.

 

HPSF gereinigte Oligos


HPSF ist eine Reinigung über Gelfiltration und steht für High Purity Salt Free. 

  • Erhältlich für alle unmodifizierten und viele modifizierte Oligos
  • Extrem präzise und reproduzierbare Aufreinigung
  • Entfernung aller Synthesechemikalien und kurze Abbruchprodukten
  • Ohne jegliche Salzrückstände
  • Präzise Quantifizierung - Abweichung von max. +/- 10%
  • Reinheit von >70 % bei 18-35 meren
  • Produktionszeiten für < 60mere, 0,01 - 1,0 µmol Scale: 1-4 Arbeitstage
  • Produktionszeiten für > 61mere oder 10µmol Scale: 6-10 Arbeitstage


Minimum und durchnittliche Ausbeuten unmodifizierter Oligos in OD: 

Länge [Basen] /
Synthesemaßstab
10 - 17
18 - 35
36 - 50
51 - 80
81 - 120
0.01 µmol
minimum  1.5 2.0 2.5 xxx xxx
durchschn. 3.0 5.0 9.0 xxx xxx
0.05 µmol minimum  2.0 3.0  5.0  3.0  3.0 
durchschn.  4.0 7.5  15.0  15.0  15.0 
0.20 µmol minimum  4.0 6.0 10.0 10.0 10.0
durchschn. na 15.0  25.0  25.0  22.0 
  1.0 µmol minimum  15.0 25.0  30.0  30.0  30.0 
durchschn. na 40.0 50.0  45.0  na 
   10 µmol minimum   150 300  200 200 150
durchschn. na na na na na


Minimum Ausbeuten modifizierter Oligos in OD:

Synthesemaßstab
0.01 µmol
0.05 µmol
0.2 µmol
1.0 µmol
10 µmol
HPSF
Minimum OD 2.0 3.0 5.0 10.0 100

 

Typischer Ausbeute- und Reinheitswert für ein 20mer; Berechnung: 1 OD = 5 nmol = 30 μg; kann für individuelle Farbstoffe, Sequenzen mit einem GC-Gehalt > 70%, > 3 Purin-Strecken oder starken Sekundärstrukturen variieren.

Der Synthese-Scale gibt die anfängliche Menge der 3'-Basen an. Die Längenbeschränkung für einige 3'-modifizierte Oligos beträgt 5 - 50 Basen; bitte fragen Sie nach.

Für einige interne Modifikationen, bei denen ein zusätzlicher Amino-C6-dT-Linker verwendet wird, fallen zusätzliche Gebühren an (bitte erfragen).

Es gibt keine OD-Garantie für Oligos < 18 und > 35 Basen oder für Oligos mit mehr als einer Modifikation.

 

HPLC gereinigte Oligos


HPLC steht für High Performance Liquid Chromatography. Eine Reinigungsmethode mit besonders hoher Trennleistung. 

  • Erhältlich für alle Custom DNA Oligos
  • Abbruchprodukte werden nahezu vollständig entfernt
  • Präzise Quantifizierung - Abweichung von max. +/- 10%
  • Reinheit von ≥80 % bis 120mere gemessen
  • Produktionszeit für < 60mere, 0,01 - 1,0 µmol Scale: 5-7 Arbeitstage
  • Produktionszeiten für > 61mere oder 10µmol Scale: 10 Arbeitstage


Minimum und durchnittliche Ausbeuten unmodifizierter Oligos in OD: 

Länge [Basen] /
Synthesemaßstab
10 - 17
18 - 35
36 - 50
51 - 80
81 - 120
0.01 µmol
minimum  1.0 1.5 2.0 xxx xxx
durchschn. 2.5 4.0 6.0 xxx xxx
0.05 µmol minimum  2.0 2.5  3.0  3.0  3.0 
durchschn. 3.5 6.0  10.0  9.5  9.3 
0.20 µmol minimum  4.0 6.0 6.0 6.0 4.0
durchschn. 6.5 13.5  17.5  14.0  10.0 
  1.0 µmol minimum  10.0 10.0  20.0  15.0  10.0 
durchschn. 18.5 35.0 40.0  25.0  na 
   10 µmol minimum   80 150 180 120 80
durchschn. na na na na na


Minimum Ausbeuten modifizierter Oligos in OD:

Synthesemaßstab
0.01 µmol
0.05 µmol
0.2 µmol
1.0 µmol
10 µmol
HPLC
Minimum OD 1.0 2.0 3.0 6.0 60

 

Typischer Ausbeute- und Reinheitswert für ein 20mer; Berechnung: 1 OD = 5 nmol = 30 μg; kann für individuelle Farbstoffe, Sequenzen mit einem GC-Gehalt > 70%, > 3 Purin-Strecken oder starken Sekundärstrukturen variieren.

Der Synthese-Scale gibt die anfängliche Menge der 3'-Basen an. Die Längenbeschränkung für einige 3'-modifizierte Oligos beträgt 5 - 50 Basen; bitte fragen Sie nach.

Für einige interne Modifikationen, bei denen ein zusätzlicher Amino-C6-dT-Linker verwendet wird, fallen zusätzliche Gebühren an (bitte erfragen).

Es gibt keine OD-Garantie für Oligos < 18 und > 35 Basen oder für Oligos mit mehr als einer Modifikation.

 

Fluoreszenzfarbstoffe

Verfügbare Fluoreszenzfarbstoffe und ihre Eigenschaften

 

Produktspezifikationen:

  • Synthesemaßstäbe von 0.01 bis 1.0 µmol
  • Reinigungsarten: HPSF, HPLC
  • Sequenzlänge: 10 - 80 Basen
  • Produktionszeit: 3-5 Arbeitstage

 

Spektrum der Fluoreszenzfarbstoffe

 

Dye Abs Em Ext. coeff. Mol. weight 5' Int 3'
ATTO 425 [ATTO425] 439 485  45,000  498.00  x x x
FAM [FAM] 495 520  83,000  474.50  x - -
Fluorescein isothiocyanate [FITC] 495 520  73,000 505.00 x x x
Fluorescein [FLU] 495 520  83,000  504.00  - - x
Fluorescein-dT [FLUdT] 494 522  75,000 472.71 - x -
ATTO 488 [ATTO488] 500 520  90,000 981.00 x x x
TET [TET] 521 536  73,000 612.30 x - -
JOE [JOE] 520 548  73,000  603.40  x - -
Yakima Yellow [YAKYE] 530 549  84,000  654.30  x - -
HEX [HEX] 535 556  73,000 681.20 x - -
Cyanine3 [CY3] 550 568 150,000 553.70 x - -
Cyanine3B [CY3B] 559 570 130,000 658.00 x x x
ATTO 550 [ATTO550] 554 576 120,000  791.00  x x x
TAMRA [TAM] 544 576  90,000  512.50 / 612.70 x x -
ATTO 565 [ATTO565] 564 590  120,000  708.00  x x x
ROX [ROX] 575 602  82,000  632.78  x x x
Texas Red [TxRed] 583 603 116,000  818.00  x x x
LightCycler 610 [LC610] 590 610  n.a. 761.48 x x x
ATTO 594 [ATTO594] 603 626 120,000 1389.00 x x x
LightCycler 640 [LC640] 625 640  n.a. 824.68 x x x
ATTO 647N [ATTO647N] 646 664 150,000  843.00  x x x
Cyanine5 [CY5] 647 673 250,000  578.70  x - -
ATTO 655 [ATTO655] 663 680 125,000 625 x x x
Cyanine5.5 [CY55] 688 711 250,000  570.74  x - -
DY-682 [DY682] 690 709 140,000  906.00  x x x
ATTO 700 [ATTO700] 700 716 120,000  837.00  x x x
DY-782 [DY782] 782 800 170,000  932.00  x x x

Obwohl die Informationen in dieser Tabelle sorgfältig auf Richtigkeit überprüft wurden, können Emission, Absorption und Extinktionskoeffizient für jedes Oligonukleotid leicht abweichen.

 

Nicht-fluoreszierende Modifikationen

Nicht-fluoreszierende Modifikationen und ihre Strukturen

 

Produktspezifikationen:

  • Synthesemaßstäbe von 0.01 µmol bis 1.0 µmol
  • Reinigungsarten: HPSF, HPLC
  • Sequenzlänge: 10 - 80 Basen; 10 - 50 Basen für spezielle 3' Modifikationen
  • Produktionszeit: 2 - 4 Arbeitstage

 

Amino-C6 [AmC6] Amino-C12 [AmC12]

5'-Amino-Gruppen werden häufig zur Kopplung des Oligonukleotids an die Festphase verwendet. Sie können auch eingesetzt werden, um weitere Modifikationen wie Fluoreszenzfarbstoffe oder große Moleküle, z.B. Digoxigenin, zu binden.

Struktur von 5' Amino C6   Struktur von 5' Amino C12

 

Amino-C3 [AmC3] Amino-C6 [AmC6] Amino-C7 [AmC7]

3' Amino C7 and C3 können zur Blockierung der Polymerase- und Exonuklease-Aktivität verwendet werden.

3' Amino C3 Struktur     3' Amino C6 Struktur     3' Amino C7 Struktur

 

Biotin [BIO]

Biotinylierte Oligonukleotide verfügen über die Fähigkeit Streptavidin zu binden. Biotin am 3' Ende kann Exonuklease-Verdau stoppen.

5' Biotin Struktur

 

Biotin-TEG [BIOTEG]

Biotin-TEG erhöht durch den Linker-Arm die Bindungsdichte an Steptavidin, z. B. zur Verbesserung der Signalstärke bei Hybridisierung.

Biotin-TEG Struktur

 

Cholesterol [CHOL]

Cholesterin ist ein hydrophobes Molekül. An das 3'-Ende eines Oligonukleotids gekoppeltes Cholesterin hat sich als zuverlässiger Bote durch Membranen etabliert und erleichtert die Aufnahme in Zellen.

3' Cholesterol Struktur


Digoxigenin [DIG]

Digoxigenin wird hauptsächlich für die nicht- isotope Markierung von Oligonukleotiden verwendet. z. B. in der Diagnostik, in der Sequenzierung oder für In-situ Hybridisierungen.

Digoxigenin Struktur

 

Phosphate [PHO]

Die Phosphorylierung ermöglicht dein Einsatz des Oligonukleotids als Substrat für die DNA-Ligase. 3'Modifikationen können weitere DNA-Verlängerungen blockieren. Phosphatgruppen an den Oligonukleotidenden ermöglichen die Ligation von zwei einzelnen Oligonukleotiden aneinander.

Phosphate Struktur


Thiol Modifier C3 [ThiolC3] Thiol Modifier C6 [ThiolC6]

Die Thiolmodifizierung wird für die Kopplung des Oligonukleotids an das Trägermaterial verwendet. Thiol kann auch für das Anbinden von Fluoreszenz- und nicht-fluoreszierenden Farbstoffen verwendet werden.

3' Thiol C3 Struktur     5' Thiol C6 Struktur

 

 

Spacer-,Linker-,Basen & Zucker-Modifikationen

Spacer-,Linker-,Basen & Zucker-Modifikationen und Ihre Strukturen

 

Produktspezifikationen:

  • Synthesemaßstäbe von 0.01 µmol bis 1.0 µmol
  • Reinigungsarten: HPSF, HPLC
  • Sequenzlänge: 10 - 80 Basen
  • Produktionszeit: 2 - 4 Arbeitstage

 

2'-Deoxyinosine [I]

2'-Deoxyinosin (INO) ist eine universelle Base, die weniger destabilisierende ist als MisMatches aus Wobble und degenerierten Basen.

2'-Deoxyinosine Struktur

 

2'-Deoxyuridine [U]

2'-Deoxyuridin (URI) Urdin kann als Ersatz für dT angewendet werden.

2'-Deoxyuridine Struktur

 

5-Methyl-dC [5MedC]

5-Methyl-dC stabilisiert den Doppelstrang durch Erhöhung der Schmelztemperatur von dC.

5-Methyl-dC Struktur

 

Amino-C6-dT [AmC6dT]

Amino C6-dT ermöglicht den Einbau von Modifikationen innerhalb der Oligonukleotidsequenz.

Amino C6-dT Struktur

 

Biotin-dT [BIOdT]

Biotin-dT wird für interne Biotin-Modifikationen verwendet, z. B. für Hybridisierungsstudien.

Biotin-dT Struktur

 

2',3'-dideoxyC [23ddC]

3'-ddC verhindern die Extension durch DNA-Polymerase und den Abbau durch 3'-Exonuklease.

3'-ddC Struktur

 

dSpacer [Spd]

Der dSpacer wird zur Nachahmung einer AP Site (Abasic Site) im Oligonukleotid verwendet, die den natürlich vorkommenden Sites sehr ähnlich, jedoch wesentlich stabiler ist.

dSpacer Struktur

 

Spacer C3 [SpC3]

Spacer C3 can be coupled to the 3'-end and internally of an oligonucleotide sequence. This can prevent e.g. the elongation of the oligo during a PCR without a major influence to its annealing properties. Oligos with C3 spacers are therefore ideal hybridisation probes in PCR reactions.

C3 spacers structures

 

Wobbles [WOB] (defined ratio) 

The folgende IUB-Code beschreibt degenerierte Basen (Wobbles). Wobbles sind equimolar und nicht-equimolar erhältlich.

M
R
W
S
Y
K
V
H
D
B
N
AC
AG
AT
GC
CT
GT
AGC
ACT
AGT
GCT
AGCT

 

 

Dark Quencher

Für eine höhere "Quenching"-Effizienz in der Real-Time PCR

 

BHQ1 [BHQ1] 480-580 nm

BHQ1 ist ein Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. und ein sehr effiezienter Dark Quencher für Dual Labeled Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden mit einer ausgezeichneten spektralen Löschung der Emission aller Farbstoffe im grünen bis dunkel-gelben Emissionsbereich.

Quenching-Bereich: 480-580 nm
Max. Absorption: 534 nm
Molarer Extinktionskoefficient: 34.000  M−1 cm−1
Molekulargewicht: 491.5 g/mol

 

BHQ1-dT [BHQ1dT] 480-580 nm

BHQ1-dT ist ein Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. und ein sehr effizienter Quencher für die interne Markierung aller Farbstoffe im grünen bis dunkel-gelben Emissionsbereich. Er kann zusätlich zu einem 3'-Quencher eingesetzt werden.

Quenching-Bereich: 480-580 nm
Max. Absorption: 534 nm
Molarer Extinktionskoefficient: 34.000 M−1 cm−1
Molekulargewicht: 491.5 g/mol

 

 

BHQ2 [BHQ2] 520-650 nm

BHQ2 ist ein weiterer Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. in unserem Portfolio. BHQ2 ist ein höchst effizienter Quencher für Dual Labeled Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden mit 5'-Fluorophoren im dunkel-grünen bis orangefarbigen Emissionsbereich.

Quenching-Bereich: 520-650 nm
Max. Absorption: 544 nm
Molarer Extinktionskoefficient: 91.000 M−1 cm−1
Molekulargewicht: 493.5 g/mol

 

BHQ2-dT [BHQ2dT] 560-670 nm

BHQ2-dT ist ein Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. und ein sehr effizienter Quencher für die interne Markierung aller Farbstoffe im roten Emissionsbereich. Er kann zusätzlich zu einem 3'-Quencher eingesetzt werden.

Quenching-Bereich: 560-670 nm
Max. Absorption: 592 nm
Molarer Extinktionskoefficient: 44.000 M−1 cm−1
Molekulargewicht: 898 g/mol

 

BBQ 650 [BBQ650] 550-750 nm

Der BlackBerry Quencher 650 ist ein hervorragender Langweillen-Quencher für Dual Labeled Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden mit langweiligen Fluorophoren wie Cy5, Cy5.5 und anderen Farbstoffen im roten bis nahe-infraroten Emissionsbereich.

Quenching-Bereich: 550-750 nm
Max. Absorption: 650 nm
Molarer Extinktionskoefficient: 41.000 M−1 cm−1
Molekulargewicht: 575.6 g/mol

 

 

Backbone-Modifikation / PTO

PTOs - Effizienter Schutz vor Nukleasen

 

Phosphorothioate (PTOs) sind die am häufigsten eingesetzten nukleaseresistenten Oligos für Antisense-Anwendungen.

In PTO-Oligos wird ein Sauerstoff-Atom der PO-Gruppe durch ein Schwefelatom ersetzt. Daher werden PTOs auch „S-Oligos“ genannt.

Phosophorothioat-Bindungen können wie folgt in ein Oligo integriert werden:

  • am 5'- oder 3'-Ende
    verhindert Exonuklease-Degradation
  • Innerhalb der Oligosequenz
    limitiert Endonukleasen-Einfluss

 

Produktspezifikationen:

  • Synthesemaßstäbe von 0.01 µmol bis 10 µmol
  • Reinigungsarten: HPSF, HPLC
  • Sequenzlänge: 10 - 80 Basen
  • Produktionszeit: 2 - 4 Arbeitstage
Reinigungsart Synthesemaßstab1 [µmol] 0.01 0.05 0.20 1.00
HPSF Garantierte Ausbeute [OD]2 2 4 6 20
HPLC Garantierte Ausbeute [OD]2 1 3 5 15

1 Der Synthesemaßstab kennzeichnet die verwendete Menge 3'-Base.
2 Die OD Garantie gilt nicht für Oligos < 18 and > 35 Basen und nicht für Oligos mit mehr als einer Modifikation.

 

Gut zu Wissen!

PTO-Oligos können eine stärkere nicht-spezifische Proteinbindung als unmodifizierte Phosphodiester (PO)-Oligos aufzeigen. Sie können in höheren Konzentrationen toxisch wirken oder Artefaktbildung verursachen.

Diese Probleme können mit chimären Oligos vermindert oder sogar vermieden werden.

 

 

Dokumentation


Alle relevanten Dokumente stellen wir Ihnen in Ihrem Online-Account zur Verfügung:

  • Oligo Synthese-Report
  • Plattenreport
  • Lieferschein
  • Qualitätsreport inkl. QC-Spektren auf Wunsch

 

Platten-Bestellungen


Hier finden Sie einige nützliche Informationen für Ihre Oligo Bestellung in Platten.


Oligos in Platte einfach online bestellen: 

  • Bis zu 12 Platten können über Datei-Upload oder Copy&Paste spezifiziert werden
  • Eine Platte muß mit mindestens 12 Oligos belegt sein
  • Modifikationen können direkt in die Sequenz eingegeben werden
  • Konzentration und Volumen sind für alle Platten auswählbar
  • Aliquot-Platten können als zusätzlichen Service gleich mitbestellt werden
  • Die Plattenübersicht erlaubt Ihnen einzelnen Oligos nochmals zu validieren und zu editieren. 


Erhältliche Plattenformate:

  • 96well, 1.2 ml, round wells
  • 96well, 0.8 ml, round wells
  • 96well, 2.2 ml, deep well plates
  • 96well, 0.2 ml PCR plates


Gut zu wissen!

Die Oligos werden grundsätzlich flüssig, in dem Volumen was für die gewählte Konzentration nötig ist, ausgeliefert. (bis max. 500µl bzw 150µl bei PCR Platten)

Bei Bestellung von Aliquot-Platten und Mix-Platten wird das benötigte Volumen aus der Stammplatte entnommen.

Sie erhalten die Stammplatte mit den verbleibenden Oligos zusammen mit den Aliquot-Platten oder der Mix-Platte ohne Aufpreis.


Wichtige Information zu Mix-Platten

  • Definieren Sie mittels dem Plattennamen welche zwei Platten zusammengehören (z.B. Plate1_for; Plate1_rev)
  • Verwenden Sie für beide Platten die selben Primer-Namen mit ensprechender Endung für forward und reverse: ".for" oder ".f" bzw. ".r" oder ".rev"
  • Wählen Sie die benötigte Konzentration und das Volumen der Stammplatten
  • Geben Sie im Auftragskommentar die gewünschte Endkonzentration und das Endvolumen des Mixes an

 

Spezielle Anforderungen?

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Literatur

 

Oligo Sicherheitsdatenblatt (MSDS)

Spectra of fluorescent dyes

Oligonucleotide brochure

RAPD 10mer oligo sequences

 

 

 

 

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