Die Kreuzkontaminationsrate von 0,01 bis 0,05 % wurde durch Sequenzierung repräsentativer Sets von Unique Dual Index (UDI)-Primer-Paaren unter Verwendung von Illumina-Instrumenten in der europäischen NGS-Sequenzierungsanlage von Eurofins Genomics bestimmt. Die angegebene Rate stellt den typischen Gesamtprozentsatz der Lese-Paare dar, die nicht den erwarteten UDI-Kombinationen für einen Satz von 96 UDI-Primer-Paaren entsprechen. Die entsprechende Anwendungsnotiz zeigt eine Kreuzkontaminationsrate von 0,0014 % für einen Satz von 14 UDI-Primer-Paaren.
Bitte beachten Sie, dass die Gesamtkreuzkontaminationsrate (Prozentsatz der falsch zugeordneten Lese-Paare) von der Gesamtanzahl der analysierten UDI-Primer-Paare parallel beeinflusst wird. Je mehr UDI-Primer analysiert werden, desto höher kann die Gesamtkreuzkontamination sein, da mehr unerwartete Indexkombinationen zugeordnet werden können.
In allen Fällen wäre die tatsächliche Kreuzkontamination der Primer sogar noch geringer, wie oben angegeben. Dies liegt daran, dass die Zuordnung von Lesevorgängen zu anderen unerwarteten UDI-Primer-Paaren eine Folge von Primer-Kreuzkontamination und Index-Hopping während der Sequenzierung ist. Eine Unterscheidung zwischen diesen Ursachen ist in diesem Analyse-Setup nicht möglich.
Bitte beachten Sie, dass Eurofins Genomics die Kreuzkontaminationsrate für jeden einzelnen Satz von produzierten und versandten NGS-Oligonukleotiden nicht bestimmt.
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Gesamte Kreuzkontaminationsrate
pro UDI-Satz (% Gesamtlesepaare, die nicht den erwarteten UDI-Kombinationen entsprechen) |
Die niedrigste gemessene Kreuzkontamination pro UDI-Kombination |
Referenz |
| Eurofins Genomics NGSgrade Oligos |
Typisch 0.01 - 0.05% |
0.00446% |
Set of 96 UDI Primer-Paaren |
| Eurofins Genomics NGSgrade Oligos |
0.0014%
(siehe Application Note) |
0.00045% |
Set of 14 UDI Primer-Paaren |
| Mitbewerber |
0.0208%
(siehe Application Note) |
0.00767% |
Set of 14 UDI Primer-Paaren |
Produktdaten
Eurofins Genomics verwendet ein neues und proprietäres Synthesegerät zur Herstellung der hochqualitativen NGSgrade Oligonukleotide. Dieses Gerät ermöglicht eine unvergleichliche Kopplungseffizienz, und damit zu einem sehr hohen Prozentsatz an Vollängen-Oligonukleotiden.
