NGSgrade Oligos - Das nächste Level

NGSgrade Oligos 2.0 - Die nächste Stufe von unseren NGSgrade Oligos

Ausgiebig getestet und für überlegen befunden.

Unsere hochwertigen NGS-Oligonukleotide tragen dazu bei, folgende Ziele zu erreichen:

Hohe analytische Leistungsparameter
Überlegene NGS-Datenqualität
Korrekte Dateninterpretation und fundierte Forschungsschlüsse
Richtige Entscheidungen für weiterführende Experimente und Studien

Moderne Next-Generation-Sequencing-Plattformen ermöglichen die parallele Analyse vieler Proben. Um die Kapazitäten optimal zu nutzen, werden die Proben gepoolt, was das Risiko einer fehlerhaften Zuordnung von Daten erhöht. Die Proben werden mithilfe von Index-Primern markiert, sodass die Daten später korrekt zugeordnet werden können. Um das sogenannte Cross-Talk so weit wie möglich zu minimieren, müssen die verwendeten Oligonukleotide möglichst wenige oder keine anderen Index-Primer enthalten. Eine Kreuzkontamination der Index-Primer muss daher während der Produktion so weit wie möglich vermieden werden.

Eurofins Genomics bietet einen Syntheseprozess, der die Kreuzkontaminationsrate von Oligonukleotiden im Vergleich zu anderen auf dem Markt erhältlichen Oligonukleotiden für NGS-Anwendungen deutlich reduziert (siehe Application Note). Mit typischen Werten von 0,01–0,05 % liegt die Kreuzkontaminationsrate der NGSgrade 2.0 Oligonukleotide auf einem marktführenden Niveau und macht sie zur idealen Wahl für jede Bibliotheksvorbereitung mit indexierten Adaptern für Multiplex-Sequenzierung.

NGSgrade Oligos 2.0

Proprietäre Synthese- und Reinigungstechnologie für niedrigste Kreuzkontaminationsraten:

Kreuzkontaminationsraten von nur 0,01 - 0,05 %.
Empfohlen für alle Arten von Index-Primern, wie z. B. UDIs oder UDI-UMIs, bei denen Kreuzkontaminationen zu einer fehlerhaften Dateninterpretation führen können, wenn NGS-Reads falsch zugewiesen werden.
Für alle Anwendungen, bei denen Kreuzkontamination kritisch ist.

NGSgrade Oligos mit HPLC Aufreinigung

HPLC-gereinigte NGS-Oligos, einschließlich spezifischer Nachsynthese-Prozesse zur Reduzierung von Kreuzkontamination:

Spuren einer Kreuzkontamination mit co-synthetisierten Oligos können nicht vollständig ausgeschlossen werden.
Diese Oligos sollten für NGS-Anwendungen verwendet werden, bei denen geringe Kreuzkontaminationen akzeptabel sind und stattdessen höchste Oligo-Reinheit ein wesentlicher Faktor ist.

>> FAQ's OligonuKleotide

>> FAQ's Next Gen Sequencing

NGS oligos für MiSeq

NGS oligos für NovaSeq

Weiterführende Informationen

Spezifikationen NGSgrade Oligos 2.0

Was Sie von unseren NGSgrade Oligos 2.0 erwarten können

Typische Kreuzkontaminationsrate von 0,01 % bis 0,05 %, bestätigt durch unser NGS-Labor (siehe Kreuzkontaminationsrate)
Verfügbare Mindestmengen von 4 nmol, 10 nmol und 25 nmol
DNA-Sequenzlänge von 15–120 Basen
Verfügbare Modifikationen sind PTO-Bindungen, 2’-Desoxyinosin, 2’-Desoxyuridin und 5’-Phosphat
Die Qualität wird durch OD-Messung und ESI-MS (Elektrospray-Ionisations-Massenspektrometrie) sichergestellt.
Ein Online-Qualitätsbericht, einschließlich der ESI-MS-Spektren, kann bestellt werden
Auswählbare Lösungsmittel sind bidestilliertes Wasser, TE-Puffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA; pH = 8) oder Low EDTA Puffer (10 mM Tris, 0,1 mM EDTA, pH = 8)
Schnelle Lieferzeiten ab 8 Arbeitstagen

Zur Lieferung in Tubes:

Oligos werden in 2ml Tubes mit Schraubverschluss entweder lyophilisiert oder in flüssiger Form in der ausgewählten Konzentration geliefert

Zur Lieferung in Platten:

Oligos werden in der ausgewählten 96-Well-Platte in flüssiger Form in der definierten Konzentration geliefert
Es sind mindestens 20 Oligos pro 96-Well-Platte erforderlich

Kreuzkontaminationsrate NGSgrade Oligos 2.0

Die Kreuzkontaminationsrate von 0,01 bis 0,05 % wurde durch Sequenzierung repräsentativer Sets von Unique Dual Index (UDI)-Primer-Paaren unter Verwendung von Illumina-Instrumenten in der europäischen NGS-Sequenzierungsanlage von Eurofins Genomics bestimmt. Die angegebene Rate stellt den typischen Gesamtprozentsatz der Lese-Paare dar, die nicht den erwarteten UDI-Kombinationen für einen Satz von 96 UDI-Primer-Paaren entsprechen. Die entsprechende Anwendungsnotiz zeigt eine Kreuzkontaminationsrate von 0,0014 % für einen Satz von 14 UDI-Primer-Paaren.

Bitte beachten Sie, dass die Gesamtkreuzkontaminationsrate (Prozentsatz der falsch zugeordneten Lese-Paare) von der Gesamtanzahl der analysierten UDI-Primer-Paare parallel beeinflusst wird. Je mehr UDI-Primer analysiert werden, desto höher kann die Gesamtkreuzkontamination sein, da mehr unerwartete Indexkombinationen zugeordnet werden können.

In allen Fällen wäre die tatsächliche Kreuzkontamination der Primer sogar noch geringer, wie oben angegeben. Dies liegt daran, dass die Zuordnung von Lesevorgängen zu anderen unerwarteten UDI-Primer-Paaren eine Folge von Primer-Kreuzkontamination und Index-Hopping während der Sequenzierung ist. Eine Unterscheidung zwischen diesen Ursachen ist in diesem Analyse-Setup nicht möglich.

Bitte beachten Sie, dass Eurofins Genomics die Kreuzkontaminationsrate für jeden einzelnen Satz von produzierten und versandten NGS-Oligonukleotiden nicht bestimmt.

	Gesamte Kreuzkontaminationsrate pro UDI-Satz (% Gesamtlesepaare, die nicht den erwarteten UDI-Kombinationen entsprechen)	Die niedrigste gemessene Kreuzkontamination pro UDI-Kombination	Referenz
Eurofins Genomics NGSgrade Oligos 2.0	Typisch 0.01 - 0.05%	0.00446%	Set of 96 UDI Primer-Paaren
Eurofins Genomics NGSgrade Oligos 2.0	0.0014% (siehe Application Note)	0.00045%	Set of 14 UDI Primer-Paaren
Mitbewerber	0.0208% (siehe Application Note)	0.00767%	Set of 14 UDI Primer-Paaren

Reinheit und Kopplungsrate NGSgrade Oligos 2.0

Produktdaten

Eurofins Genomics verwendet ein neues und proprietäres Synthesegerät zur Herstellung der hochqualitativen NGSgrade 2.0 Oligonukleotide. Dieses Gerät ermöglicht eine unvergleichliche Kopplungseffizienz, und damit zu einem sehr hohen Prozentsatz an Vollängen-Oligonukleotiden.

Abbildung 1. Theoretische Reinheiten für NGSgrade Oligos 2.0. (A) Darstellung der theoretischen Reinheiten für Oligos unterschiedlicher Länge bei einer Kopplungsrate von 99,6 %. Diese durchschnittliche Kopplungsrate wurde auf der Grundlage einer großen und repräsentativen Stichprobe von Datenpunkten ermittelt. (B) Beispiel eines IP-RP-HPLC-Chromatogramms für einen UDI-Adapterprimer mit 72 Nukleotiden, aufgenommen bei λ = 260 nm. Für das Zielprodukt wurde eine Reinheit von 74,0 % gemessen. Die analytische IP-RP-UHPLC wurde mit einem Vanquish Horizon Duo-System von ThermoFisher Scientific durchgeführt.

Oligos für Amplikons auf dem NovaSeq (150 - 270 bp)

Adapter-Ligation-Oligos für die NGS-Amplicon-Sequenzierung auf NovaSeq

Hochwertige Adapter-Oligos zur Verbesserung des Multiplexings mit Proben-Tagging durch NGS auf Illumina. Sie wurden in unserem firmeneigenen NextGen-Sequenzierungslabor entwickelt und validiert:

192 individuell gestaltete Tags stehen zur Kennzeichnung Ihrer Proben zur Verfügung
Jeder Tag besteht aus 10 Nukleotiden, die zu Ihrem templatespezifischen Forward-Primer* hinzugefügt werden*.
Die Tags sind mit einem minimalen Editierabstand von 4 konzipiert, um Fehlzuweisungen durch Sequenzierfehler bestmöglich zu vermeiden
Optimiert für Probenpools mit geringer und hoher Probenanzahl
Alle NGSgrade Oligos durchlaufen spezifische, kontaminationsfreie Prozesse, um höchste Reinheit und Leistung zu gewährleisten

Bitte verwenden Sie unsere Excel-Vorlage die auf der NGSgrade 2.0 Oligo-Bestellseite bereitgestellt wird. Diese ist speziell für die Gestaltung Ihrer Amplicon-Adapter-Ligation-Oligos kodiert.

Die entwickelten Primer können sowohl mit unserem NGSelect Amplicon Adapter Ligation-Produkt als auch mit Ihrem eigenen Sequenzierprotokoll verwendet werden.

*Beispiel: Beim Multiplexing von 24 Proben mit derselben zielgerichteten Sequenz muss die gleiche Forward-Primer-Sequenz 24-mal und ein Reverse-Primer verwendet werden. Das Design-Tool fügt jedem Forward-Primer einen unterschiedlichen Tag hinzu. Der Reverse-Primer erhält keine Tags.

Oligos für Amplikons auf dem MiSeq (280 - 570 bp)

2nd PCR Primer für NGS-Amplikon-Sequenzierung auf MiSeq

Die Amplicon 2nd PCR Primer sind speziell entwickelt, um das Pooling von Proben für die NGS-Sequenzierung auf Illumina-Plattformen zu ermöglichen. Sie wurden von unserem hauseigenen NextGen-Sequenzierungslabor entworfen und validiert.

Bei der NGS-Amplikon-Sequenzierung auf MiSeq werden Primer mit universellen Adaptern für die erste PCR benötigt.

Zum Komfort unserer Kunden fügt Eurofins Genomics diese Adapter* automatisch zu Ihren zielsequenzspezifischen Primern hinzu. Dieser automatisierte Prozess während der Online-Bestellung stellt sicher, dass Ihre Primer korrekt, validiert und optimiert sind. Bitte verwenden Sie hierfür unsere Excel-Vorlage, die auf der Bestellseite für NGSgrade 2.0 Oligos verfügbar ist.

Adaptersequenzen: