Bakterien-Genomsequenzierung (ONT)

• Bibliotheksvorbereitung (ohne Amplifikation); Verwendung der v14-Chemie
• Sequenzierung mit Oxford Nanopore GridION (Flow Cell R10.4.1)
• Datenoutput: durchschnittlich 30-fache Genomabdeckung (abhängig vom eingesetzten Material)
• Bioinformatische Analyse (siehe Details unten)

Für jede Probe des bakteriellen Genoms werden die folgenden Dateien bereitgestellt:

• Datenanalysebericht im HTML-Format
• FASTQ Rohdaten die der Konsensus-Sequenz zugeordnet werden können.
• Assemblierte Genomsequenz in FASTA-Format
• Kreisförmiges Genomdiagramm
• Annotierte Genomsequenz aller Contigs im GENBANK-Format
• Annotierte Genommerkmale im GFF3-Format
• Tabelle der annotierten Merkmale, einschließlich der Nukleotidsequenz jedes Merkmals
• Nukleotidsequenzen aller Gensequenzen im FASTA-Format
• Aminosäuresequenzen aller annotierten Proteinsequenzen im FASTA-Format

Ihre Daten werden sicher über Ihr Ecom-Konto übermittelt.

Keine Auslieferung der Pod5 und FASTQ Dateien, die nicht zur Konsensus zuzuordnen sind.

Falls Sie die Pod5 oder auch FASTQ Dateien benötigen, die nicht der Konsensus-Sequenz zugeordnet werden können, dann kontaktieren Sie uns bitte bezüglich unseres Premium-Services.

Die Bearbeitungszeit für die Sequenzierung des gesamten bakteriellen Genoms beträgt durchschnittlich 5 bis 7 Werktage.

Sie werden per E-Mail benachrichtigt, sobald Ihre Ergebnisse in Ihrem Ecom-Konto verfügbar sind.

Bitte liefern Sie uns Ihre Proben in Konzentration und Volumen wie folgt:

Konzentration: 30 ng/µl*

Volumen: 20 µl

Für die DNA Präparation ist es ausreichend eine qualitativ hochwertige Säulenaufreinigung zu verwenden. 

 
Bitte senden Sie uns Ihre Proben wie unten beschrieben:

• Verwenden Sie 1,5ml „Safe Lock“-Tubes für Ihre Plasmide
• Als Puffer für Ihre Proben verwenden Sie bitte Nuklease-freies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5)
• Bitte verwenden Sie keine spektrophotometrische Methode für die Quantifizierung (zBsp Nanodrop). Die Werte schwanken zu stark. Bitte verwenden Sie stattdessen eine fluormetrische Methode, wie zum Beispiel Qubit. Nur so kann eine gute Datenqualität am Ende sichergestellt werden.
• Verkleben oder umwickeln Sie Ihre Tubes nicht mit Parafilm. „Safe Lock“-Tubes sind viel besser geeignet, denn sie schließen perfekt ab und schützen vor Verdunstung
• Etikettieren Sie Ihre Proben mit unseren kostenfreien Barcode Labels. Bringen Sie das Etikett horizontal an

Wie und wohin Sie Ihre Proben versenden:

• Nutzen Sie entweder eine DropBox in Ihrer Nähe zur kostenlosen Probenabholung oder einen Kurierdienst Ihrer Wahl
• Für den Versand Ihrer Proben können Sie bequem eine unserer Versandoptionen nutzen
• Um Ihre Proben sicher an uns zu senden, nutzen Sie unsere "Sample Paper Boxes" oder "Tube Bags"
• Senden Sie Ihre Proben an unser Eurofins Genomics Sequenzierungslabor in Köln, Deutschland

*Proben die von unseren Konzentrationsanforderungen abweichen können dazu führen das kein Ergebnis erstellt werden kann. Es erfolgt keine Wiederholung der Probe bei falscher Konzentrations-Einstellung.