INVIEW Virus Sequenzierung

Overview
Spezifikationen

Produktdetails

Ausgangsmaterial

Akzeptiertes Ausgangsmaterial für INVIEW Virus

Virustyp	Ausgangsmaterial
RNA Virus	Typ: rRNA depletiert oder Gesamt RNA Menge: 100 ng pro Probe Konz.: min 5 ng/µl Gelöst in: RNase-, DNase- und Protease-freiem "molecular grade" Wasser
dsDNA Virus	600 ng ng gDNA Qubit quantifiziert (bis zu 200µl / Konz. > 3 ng/µl) cDNA kann nicht als Ausgangsmaterial akzeptiert werden
AAV / ssDNA Virus	Wir empfehlen 500µl - 1 ml Zellkulturüberstand für die ssDNA Extraktion zu verwenden Menge: min. 20µl der extrahierten ssDNA (Konz.: 0.1 ng/µl) Falls die ssDNA nicht aus Zellkulturüberstand sondern einer anderen Flüssigkeit extrahiert wird, kontaktieren Sie uns bitte vorab.
Unbekannte Viren / Viren-Mischung	Wir empfehlen 500µl - 1 ml Zellkulturüberstand für die TNA Extraktion zu verwenden Menge: min. 20µl der extrahierten TNA (Konz.: 0.1 ng/µl) Falls die TNA nicht aus Zellkulturüberstand sondern einer anderen Flüssigkeit extrahiert wird, kontaktieren Sie uns bitte vorab.

Akzeptiertes Ausgangsmaterial für die DNA und/oder RNA Isolation

Gewebe
Zellen
Blut
Umweltproben
Zellkulturüberstand

Akzeptiertes Ausgangsmaterial für die Gesamt-Nukleinsäuren (TNA) Extraktion

Zellkulturüberstand
Zellbänke
Allontoische Flüssigkeit (Eier)
Virus-Saatgut
Andere Materialien (z.Bsp Bioreaktor Proben)
Umweltproben auf Anfrage

Bitte beachten Sie, dass für online angeforderte DNA-Isolierungen nur S1-klassifiziertes Material angenommen wird. Weitere Informationen über die derzeitigen Regelungen zur Klassifizierung biologischen Materials finden Sie hier. Bitte wenden Sie sich an uns für weitere Informationen zur DNA-Isolierung aus Material, das als S2 klassifiziert wurde.

Arbeitsablauf

Extraktion

RNA Virus

RNA Isolation
Ribosomale RNA (rRNA) Depletierung – optimierte Entfernung von rRNA von der mRNA. (Bitte kontaktieren Sie uns, um die Kompatibilität mit Ihrem Organismus zu überprüfen)

DNA Virus

DNA Isolation
Gesamt-Nukleinsäuren (TNA) Extraktion

Unbekannte Viren / Viren Mischungen

Gesamt-Nukleinsäuren (TNA) Extraktion

Bibliothekenherstellung

RNA Virus

Strang-spezifische cDNA Bibliothek. Keine Poly-A Selektion.

ds DNA Virus

Standard genomische Bibliothek

ssDNA Virus

Bibliothekenherstellung mit Hilfe eines proprietären Protokolls für ssDNA Viren

Unbekannte Viren / Viren Mischungen

Bibliothekenherstellung mit Hilfe eines proprietären Protokolls für alle Virus Klassen

Sequenzierung

Typ: Illumina
Modus: 2 x 150 bp
Datenmenge: 5 M Read Paare pro Probe (oder multiple davon)

Bioinformatische Analyse

Genome variant detection (DNA / RNA Virus)

•   Mapping gegen eine Referenzsequenz
•    Bestimmung von SNPs und InDels
•   Annotation der detektierten SNPs und InDels (unter Verwendung von dbSNP)
•   Allokation von Effekten auf Protein-Ebene (unter Verwendung von Ensembl)

Virus-Metagenom Analyse (Unbekannte Viren / Viren Mischungen )

Bewertung der Sequenzqualität und Datenbereinigung
Entfernung Sequenzierdaten (Reads) des Host* Organismus
Überprüfung der Sequenzdaten nach allen bekannten Viren mit Hilfe der gesamten Virus-Genom-Datenbank
Taxonomische Zuweisung und Erstellung eines Virusprofils pro Probe

*Verfügbare Host-Organismen: Mensch, Maus, Ratte, Huhn, Ente, Green Monkey, Chicken, Chinese Hamster (CHO) (andere Host-Organismen auf Anfrage)

Lieferumfang der Bio-IT

Genome variant detection

•   Alignment Datei (bam)
•   SNP und InDel Tabellen, inklusive annotierter Varianten und Effekte (vcf, tsv, bed)
•    Umfassender Datenanalyse-Bericht (pdf)

Viral metagenomic analysis (Unbekannte Viren / Viren Mischungen)

Tabellen der detektierten Viren (pro Probe) (TSV)
Umfangreicher Datenanalyse-Report (HTML)

Lieferzeit

12 Arbeitstage für bis zu 24 Proben für dsDNA Viren
15 Arbeitstage für bis zu 24 Proben für RNA Viren
27 Arbeitstage für bis zu 24 Proben für ssDNA, AAV und unbekannte Viren / Viren Mischungen (Express service verfügbar)