NGS Prepaid Solution

• Varianzanalyse: Erkennung und Annotation von Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) sowie Insertionen und Deletionen (InDels)
• De novo-Genomassemblierung

Analyse 1:

• Qualitätsbewertung der Sequenz
• Entfernen von qualitativ minderwertigen Basen, Adaptern, Primern u. a.
• Erstellung des taxonomischen Profils anhand der NCBI-Datenbank für Bakterien-, Archaeen-, Pilz-, Protozoen- und Virengenome
• Entfernen von Wirtssequenzen (gilt nur für Proben von Mensch, Maus oder Ratte)

Lieferumfang

• FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätswerte)
• OTU-Tabellen (tsv) und Graphik (png) der OTU-Verteilung auf Phylum-, Genus- und Spezies-Ebene
• Interaktive Graphiken der OTU-Verteilung auf Spezies-Ebene (html)
• Tabellen (tsv) und Graphiken (png) der Diversitätsindizes der Spezien

Analyse 2:

• Eingehende Beurteilung der Sequenzqualität vor Durchführung der Metagenom-Annotation
• Entfernen von qualitativ minderwertigen Basen, Adaptern und Primern
• Entfernen von Wirtssequenzen
• Erstellung des taxonomischen Profils mithilfe der etablierten vorgefertigten MiniKraken-Datenbank, die aus vollständigen Bakterien-, Archaeen-, Pilz-, Protozoen- und Virengenomen in der RefSeq-Datenbank konstruiert wurde
• Screenen auf Virulenzfaktoren und Antibiotikaresistenzgene mit der Mvir-Datenbank
• KEGG – funktionelle Profilerstellung von Mikrobengemeinschaften mit Hilfe des integrierten Gen-Katalogs des menschlichen Darm-Mikrobioms (IGC)

Lieferumfang

Taxonomische Profilerstellung

• FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätskennzahlen) 
• OTU-Abundanztabellen (TSV) und -grafiken (PNG) für Phylum, Genus und Spezies
• Interaktive Graphiken der OTU-Verteilung auf Spezies-Ebene (html)
• Artendiversitätsindizes (TSV) und Diagramme (PNG)
• Rarefizierungs-Kurven (PNG)

Funktionale Profilerstellung

• KEGG-annotierte Tabellen (TSV) und Grafiken (PNG)
• Korrelationsdiagramme (PNG)

Resistenzprofilerstellung

• Virulenztabellen (TSV) und Grafiken (PNG)
• Korrelationsdiagramme (PNG)

Option 2:

• Halbautomatisches Mapping gegen eine Referenz
• Identifizierung und Quantifizierung von Transkripten
• Paarweiser Vergleich der Expressionsniveaus und Bestimmung von signifikanten Fold-Unterschieden
• Principal Component Analysis (PCA)
• Alternative Spleiß-Analyse baiserend auf bekannten/zur Verfügung gestellten Gen-Modellen für Eukaryoten
• Fusions-Gen Bestimmung

Ergebnisse

• Alignment-Datei (BAM)
• Genexpressionstabelle einschließlich FPKM-Wert (TSV)
• Kombinierte Genexpressionstabelle für alle Proben (TSV)
• Tabelle mit paarweise unterschiedlicher Genexpression, einschließlich Foldchange und p-Wert (TSV)
• Tabelle mit zwischen den Paaren unterschiedlich exprimierten Genen (TSV)
• Volcano plots (png)
• Tabelle der alternativen Spleiß-Ereignisse (tsv)
• Tabelle der fusionierten Transkripte/Gene (tsv)
• Umfassender Datenanalysebericht (PDF)

Analyse

Sortieren der Sequenzen nach Tags

• • vom Kunden designte Tags
  • von Eurofins Genomcis designte Tags
• CRISPR Mutationsanalyse

Mit der CRISPR Mutationsanalyse bewerten wir für Sie Mutationen, die Sie mit dem NHEJ Reperatursystem (non-homologous end joining) eingefügt haben. Die Pipeline untersucht Mutationsereignisse die auf einer einzigen Bruchstelle (cut site) beruhen.

• Qualitäts-Clipping und Merging der Rohreads
• Mapping auf die Zielregion(en) und Qualitätsfiltern der gemappten Reads
• Clustering der Reads und darauf basierte Identifizierung und Quantifizierung von NHEJ Ereignissen
• Quantifizierung der Mutationsraten und Leserahmenverschiebungen
• Für jede Probe und Zielregion erhalten Sie folgende Informationen:
• Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
• Plots zur beobachteten Mutationsrate und Leserahmenverschiebung
• Rohdaten, Mapping und Coverage Statistiken

Lieferumfang

• Umfassender Bericht mit Abschnitten zu Ergebnissen und Methoden /li>
• Rohdaten als FASTQ Dateien
• FASTQ Sequenzen nach Qualitäts-Clipping und Merging
• Gemappte Reads im BAM Format (Rohreads und gefilterte Reads)
• Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
• Metriken zu Rohdaten, Präprozessierungs-Daten, Mappingergebnisse und Coverage im CSV-Format

• Prä-Prozessierung der Reads und Herausfiltern von chimären Reads
• Auswahl repräsentativer OTU Sequenzen ((operational taxonomical unit) 
• Taxonomische Zuordnung und Abundanzabschätzung für alle OTUs bis hin zum Spezieslevel (wenn möglich)
• Normalisierte Abundanzschätzung bakterieller und archaeeller OTUs unter Einbezug individueller Kopienzahlen der Markergene
• Mikrobielle Diversitätsanalyse - alpha & beta Diversitäts-Indizes

Ergebnisse

• OTU Tabelle (tsv)
• Graphische Repräsentation der taxonomischen Zuordnung (HTML)
• Mikrobielle Diversitäts-Tabelle (tsv)
• Umfassender Datenanalysebericht (PDF)

1 Coupon / Probe (dsDNA / RNA Virus)

• Mapping gegen eine Referenzsequenz
• Bestimmung von SNPs und InDels
• Annotation der detektierten SNPs und InDels (unter Verwendung von dbSNP)
• Allokation von Effekten auf Protein-Ebene (unter Verwendung von Ensembl)

Lieferumfang

• Alignment Datei (bam)
• SNP und InDel Tabellen, inklusive annotierter Varianten und Effekte (vcf, tsv, bed)
• Umfassender Datenanalyse-Bericht (pdf)