Jede Sequenzierungsmethode hat Vor- und Nachteile. Die Sanger-Sequenzierung und die Oxford Nanopore-Sequenzierung (ONT) sind beide Methoden zur Bestimmung der Nukleotidsequenz in einem DNA-Stück. Typischerweise gilt Sanger als die genaueste Methode für die Short-Read-Sequenzierung und NGS ist besser für die Long-Read-Sequenzierung.

Insgesamt hängt die Wahl zwischen Sanger-Sequenzierung und ONT von den spezifischen Anforderungen der Anwendung ab. Beide Methoden haben ihre Stärken und Grenzen, und die geeignete Methode hängt von Faktoren wie der Länge und Qualität der DNA-Probe, dem gewünschten Genauigkeitsgrad sowie den Kosten und der Verfügbarkeit der erforderlichen Ausrüstung ab.

Es hängt wirklich von der Probenqualität ab. Wir können den Deckungsgrad derzeit nicht garantieren. Eine ordnungsgemäß eingereichte gute Probe ergibt normalerweise Hunderte oder sogar Tausende von Sequenzierungs-Reads. Die Konsensabdeckung hängt davon ab, wie viele Reads Volllängen-Plasmide sind und wie viele, falls vorhanden, abgebaut sind.

Eine Abdeckung unter 20x kann ungenau zusammengesetzte Plasmidsequenzen enthalten. Die häufigsten Gründe für Abdeckungen mit niedriger Qualität sind im Abschnitt "Fehlerbehebung bei fehlgeschlagenen Proben" aufgeführt.

Jede Anzahl von Proben ist willkommen. Es gibt kein Minimum und kein Limit.

Sie können es senden und wir können es sequenzieren, aber wir können das Analyseergebnis nicht vorhersagen oder versprechen. Der Kunde würde das Risiko dieser Aufträge übernehmen.

Ja - mehr Informationen zu unseren ONT Lite Coupons finden Sie hier >>

Leider nicht. Momentan können wir nur Plasmide annehmen. Für Amplikons und große DNA-Inserts haben wir jedoch einen speziellen Service, der Ihnen gerne zur Verfügung steht. Mehr erfahren >>

Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!

Bitte verwenden Sie entweder Nuklease-freies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5).

Bitte verwenden Sie keinen Puffer mit EDTA.

Ja, die FASTQ Dateien werden für jedes Projekt mitgeliefert.

Für jeden Lauf führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse zeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut bearbeiten.

Wir sequenzieren die Plasmide typischerweise innerhalb eines Arbeitstages.

Für Plasmide > 25 kb kann die Lieferzeit bis zu 5 Arbeitstage betragen.

Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.

Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.

Nein leider nicht. Unser Protokoll für den Hochdurchsatz von Plasmiden ist nur für doppelsträngige DNA ausgelegt.

Aber natürlich haben wir ein weiteres Produkt das jegliche kundenspezifische Anpassung zulässt. Hier erfahren sie mehr >>

• Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt. 
• Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
• Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
• Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Plasmid-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
• Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
• Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).

Wir empfehlen für die Aufreiniung Ihrere Plasmide kommerziell erhältliche Kits zu verwenden. Hier sind sowohl Kits die auf DNA-bindenden Beads, Säulen oder enzymatische Aufreinigung beruhren möglich.

Bitte schicken sie KEINE Primer mit Ihren Proben und es dürfen auch keine Primer in der Probe selbst enthalten sein.

Hier ein paar Beispiel Kits: 

VWR Plasmid Miniprep Kit II

QIAGEN Plasmid Plus Midi Kit 

peqGOLD Plasmid Miniprep Kit II 

ZymoPURE II Pure Midiprep Kit 

Für sehr große Plasmide müssen andere Kits verwendet werden. Zum Beispiel ZymoPUREII oder NucleoBond.

Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!

Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.

Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.

Abhängig von der Sequenz Ihres Probenmaterials kann der Assembler gelegentlich Schwierigkeiten bei der Rekonstruktion der terminalen Enden von linearer DNA haben, was dazu führen kann, dass bis zu 10 Nukleotiden an den 3'- und/oder 5'-Enden Ihres Inserts fehlen.

Wenn Sie dieses Problem bei Ihren Proben feststellen, können Sie die Rohdaten von Ihrem Dashboard herunterladen und die Enden mit Ihrer bevorzugten Methode rekonstruieren.

Für jeden Lauf führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse zeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut bearbeiten.

Wir bieten keine spezifische Abdeckungsgarantie an. Die Anzahl der generierten Rohdaten kann erheblich je nach Probenqualität variieren. Erfolgreiche Proben, die in der erforderlichen Konzentration eingesendet werden, ergeben in der Regel eine Anzahl von Rohsequenzierungsdaten im Bereich von Dutzenden bis zu Hunderten (oder sogar Tausenden).

Die durchschnittliche Abdeckung Ihrer Probe ist im Ergebnisbericht HTML enthalten, wobei eine Abdeckung von über ~20x auf einen sehr genauen Konsens hinweist.

Unser Amplicon-Service ist auf eine Population von Molekülen ausgelegt, die klonal ist.

Was passiert, wenn Sie Mischungen einsenden?

Wenn Ihre Arten ausreichend unterschiedlich sind (zum Beispiel in Größe oder Sequenz stark unterschiedlich), wird der Ablauf zunächst versuchen, eine .fasta-Konsensdatei aus der am häufigsten vorkommenden Art zu erstellen. Es wird auch versucht, einen Konsens für andere Arten zu erstellen, deren Lesanzahlen mehr als 20% derjenigen der am häufigsten vorkommenden Art entsprechen. Letztendlich hängt es von der Gesamtqualität der Probe, der Abdeckung und der relativen Häufigkeit/Abbau jeder Art ab, welche Arten einen Konsens erzeugen.

Wie kann ich meine Amplicon-Mischung sequenzieren lassen?

Eurofins Genomics bietet ein umfangreiches Portfolio für die Sequenzierung von Amplicons. Sie werden definitiv den passenden Service für Ihre Bedürfnisse finden: Amplicon-Portfolio >>

• Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt. 
• Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
• Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
• Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Amplikon-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
• Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
• Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).

Nein leider nicht. Unser Protokoll für den Hochdurchsatz von Amplikons ist nur für doppelsträngige DNA ausgelegt.

Aber natürlich haben wir ein weiteres Produkt das jegliche kundenspezifische Anpassung zulässt. Hier erfahren sie mehr >>

Es hängt wirklich von der Probenqualität ab. Wir können den Deckungsgrad derzeit nicht garantieren. Eine ordnungsgemäß eingereichte gute Probe ergibt normalerweise Hunderte oder sogar Tausende von Sequenzierungs-Reads. Die Konsensabdeckung hängt davon ab, wie viele Reads Volllängen-Amplikons sind und wie viele, falls vorhanden, abgebaut sind.

Eine Abdeckung unter 20x kann ungenau zusammengesetzte Amplikonsequenzen enthalten. Die häufigsten Gründe für Abdeckungen mit niedriger Qualität sind im Abschnitt "Fehlerbehebung bei fehlgeschlagenen Proben" aufgeführt.

Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!

Tolle Neuigkeiten! Wir arbeiten aktiv daran, Ihnen eine Prepaid-Lösung zu bringen, die in Kürze verfügbar sein wird!

Im Durchschnitt beträgt die Lieferzeit 5 - 7 Arbeitstage für alle Bakterien-Genome bis zu 7 Mb.

Es gibt mehrere Gründe, warum Ihre Ergebnisse von Ihren Erwartungen abweichen.

Um Ihre Ergebnisse zu interpretieren, werfen Sie einen Blick auf unser Problembehandlungshandbuch. Klicken Sie hier >>

Für jede Durchführung führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse anzeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut verarbeiten.

Gemäß den Spezifikationen von Oxford Nanopore für die v14 Library-Prep-Chemie und die derzeit in der bakteriellen Genomsequenzierung verwendeten R10.4.1-Flowcells übersteigt die Rohlesen-Genauigkeit 99%. Die Genauigkeit der endgültigen Assemblierung variiert je nach Abdeckung und Datenqualität. Im Allgemeinen führt eine höhere Abdeckung, die mehr Reads für den Konsensbau bedeutet, zu einer verbesserten Ergebnisgenauigkeit.

Dieser Service ist für eine klonale Population (eine einziger Stamm) von Bakterien konzipiert. Obwohl Sie Mischungen verschiedener bakterieller Stämme zur Sequenzierung einreichen können, geht dies mit einem gewissen Maß an Unsicherheit hinsichtlich des Assemblierungsergebnisses einher und erfolgt daher auf eigenes Risiko.

Wenn Sie an gemischten Proben interessiert sind, empfehlen wir die Nutzung eines unserer anderen Services:

- Mikrobiom-Profiling
- 16S-Volllängen-Sequenzierung
- INVIEW Resequencing von Bakterien
- Whole-Genome-Sequenzierung auf dem GridION (Illumina-Daten-Polishing möglich)

Wenn Ihre genomische DNA (gDNA)-Extraktion auch native Plasmid-DNA enthält, ist es wahrscheinlich, dass Sie Sequenzierungsreads für diese Plasmide erhalten. Im Allgemeinen werden DNA-Fragmente mit einer Größe von <1 kb während der Sequenzierung ausgeschlossen. Kleine, plasmidgroße Reads werden jedoch während der Assemblierung nicht herausgefiltert, daher besteht die Wahrscheinlichkeit, dass sie zu eigenen Plasmidassemblierungen beitragen, zusätzlich zur gDNA-Assemblierung.

Letztendlich hängt die Art der in Ihrer Probe enthaltenen DNA, die zu einer Assemblierung beiträgt, von der Gesamtqualität der Probe, der Abdeckung und dem relativen Vorkommen oder der Degradation jedes DNA-Typs ab.

Natürlich. Details zu unserem gesamten NGS ONT Portfolio finden sie hier>>

Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.

Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.

Für die DNA Präparation ist es ausreichend eine qualitativ hochwertige Säulenaufreinigung zu verwenden. Je besser die DNA Qualität, desto besser sind auch die Sequenzierungsergebnisse.

• Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt. 
• Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
• Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
• Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Amplikon-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
• Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
• Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).