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INVIEW Transcriptome Discover -
Für Neuartige Transkripte & Spleißvarianten

Erkennung und Quantifizierung von Transkripten und Spleißvarianten.

I

Strang-spezifische RNA-Sequenzierung bietet Genexpressionsdaten in Bezug auf die Strangorientierung. Dieser Ansatz ist ideal für die Genomannotation, das Studium von Antisense- oder überlappenden Transkripten und die Entdeckung neuer Transkripte.

Zusätzlich zur RNA-Sequenzierung bieten wir RNA-Isolationsdienste und eine Vielzahl von Bibliotheksvorbereitungsprotokollen, die auf Ihre spezifischen Projektanforderungen zugeschnitten sind. Diese umfassen Poly(A)-Selektionsmethoden für eukaryotische Organismen, wenn nur mRNA-Daten benötigt werden. rRNA-Depletion für das Studium spezieller RNA-Spezies wie lncRNAs oder minderwertige RNA (z.B. FFPE) für eine Vielzahl von Organismen (z.B. Mensch, Maus, Ratte und Pflanzen) ist ebenfalls verfügbar. Für Blut-RNA bieten wir Globin-Depletion an.

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Anwendungen

Aufklärung zellulärer Funktionen durch Transkript-Quantifizierung
Analyse spezifischer Genomelemente und ihrer biologischen Bedeutung
Charakterisieren von Unterschieden im Spleißen der RNA wie z. B. alternatives Spleißen
Identifizieren von Antisense-Transkripten
Bestimmen des transkribierten Strangs von nicht-kodierenden RNAs
Markieren von Grenzen zwischen nah beieinanderliegenden oder überlappenden Genen

Besonderheiten

Hochempfindliche Erkennung von Transkripten oder Spleißvarianten
Etablierte Protokolle für die Erstellung strangspezifischer Bibliotheken
Flexible Sequenzierung beginnend mit 30 Mio. garantierten Read Pairs
Optionale Leistungen einschließlich RNA-Isolierung und rRNA (ribosomale RNA)-Abreicherung
Strukturinformationen von strangspezifischen Reads
Auf praktisch jeden Organismus anwendbar

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Produkt-Spezifikationen & Bestellung

Unsere Standard-RNA-Seq-Analyse-Pipeline bietet einen umfassenden Ansatz zum Verständnis der Genexpression, beginnend mit der Qualitätsbewertung der Sequenzierungsdaten. Die Reads werden an einem Referenzgenom ausgerichtet (Alignment), quantifizieren Transkripte und normalisieren gene counts", gefolgt von einer Hauptkomponentenanalyse (PCA), um die Beziehungen zwischen den Proben zu visualisieren und Ausdrucksmuster zu identifizieren. Schließlich identifizieren wir differenziell exprimierte Gene durch Signifikanztests und erstellen detaillierte Berichte und Visualisierungen – einschließlich Heatmaps, Vulkanplots und verschiedenen QC-Metriken – um Forschern aussagekräftige biologische Einblicke zu ermöglichen.

Optionale RNA-Seq-Analysepakete:

Alternative Splicing (AS) Analyse: Diese Analyse ist für Designs mit Replikaten in einem Fall-gegen-Kontroll-Setup verfügbar und bietet eine detaillierte Ansicht der alternativen Spleißereignisse, die in den Proben auftreten.
Genfusion-Analyse: Diese Analyse ist ab einer einzelnen Probe verfügbar und bietet eine detaillierte Ansicht der Genfusionen, die in den Proben auftreten.
Variantenerkennung und deren Auswirkungen auf die Proteinveränderung: Diese Analyse ist ab einer einzelnen Probe verfügbar und bietet eine detaillierte Ansicht der Varianten, die in den Proben auftreten und deren Auswirkungen auf die Proteinfunktion.
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA): Dieser fortschrittliche bioinformatische Analysedienst nutzt die Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), um biologische Wege und Gen-Sets zu identifizieren, die in differenziell exprimierten Genen signifikant angereichert sind. Diese Analyse bietet ein tieferes Verständnis der biologischen Prozesse und Wege, die durch die Veränderungen in der Genexpression betroffen sind.

Für den optionalen RNA-Isolationsservice, bitte beachten Sie unseren „Leitfaden zur Probenvorbereitung und zum Versand für die Extraktion“.

Wir akzeptieren keine Proben mit einem höheren Biosicherheitsniveau als S2. GVOs werden nur mit S1-Level akzeptiert.

Spezifikationen

Eingangs-QC der RNA-Qualität und RNA-Menge
Illumina-kompatible strang-spezifische RNA-Seq-Bibliotheksvorbereitung unter Verwendung von Unique Dual Indexing
Technologie: Illumina NovaSeq 6000 oder NovaSeq Xplus
Lauftyp: paired-end
Leselänge: 2 x 150 bp
Garantierte Datenausgabe für vordefinierte oder flexible Lesepakete (Vielfache von 5 Mio. Lese-Paaren), je nach Bedarf empfehlen wir 20-30 Millionen Read Paare für große Genome (z.B. Mensch, Maus) und 15-20 Millionen Read Paare für mittlere Genome (z.B. Hefe).

Ausgangsmaterial

Probentyp: gesamt RNA (DNA-free)
Reinheit (OD260/280): 1.8-2.2
Empfohlener RIN: ≥5.0
Resuspensions-Puffer: Nuklease-freies Wasser oder Tris-HCL Puffer (pH 7.5 to pH 8.0)
Format: Barcode-markierte 1,5 ml Safe-Lock-Röhrchen; oder für > 48 Proben in Eppendorf twin.tec PCR Plate 96, full-skirted, Positionen G12 & H12 leer lassen
Versandmethode: Trockeneis, bitte kontaktieren Sie uns bzgl empfohlener RNA Stabilisierungs-Röhrchen, um RNA bei Raumtemperatur schicken zu können

RNA Aufreinigung	Ziel-RNA	Minidest-Menge	Minidest-Volumen	Konzentration
keine	Gesamt-RNA	20 ng	10 µl	2 - 20 ng/µl
Poly(A)-Selektion	mRNA (eukaryotisch)	150 ng	25 µl	6 - 200 ng/µl
rRNA depletion	mRNA + lncRNA	375 ng	10 µl	37.5 - 200 ng/µl
globin + rRNA depletion	mRNA + lncRNA (Blut)	500 ng	10 µl	50 - 400 ng/µl

RNA Aufreinigungs-Methode:

Service	Dieser Service beinhaltet	Sie erhalten Daten für	Kommentar
RNA-seq ohne PolyA oder Depletion	cDNA-Bibliotheksgenerierung aller vorhandenen RNAs	Gesamte RNA	Sie erhalten Daten für die gesamte RNA, einschließlich hochabundanter RNAs wie rRNA (~90 % der gesamten RNA) und spezifischer mRNAs
Poly-A-Selektion*	Bead-basierte Poly-A-Selektion Ihrer Proben (mRNA-Anreicherung)	Nur mRNA	Dieser Dienst zielt auf PolyA-Enden (mRNA) in einer Gesamt-RNA-Probe ab. Daher werden nur Fragmente mit PolyA-Sequenzen in die Sequenzierung eingesetzt. mRNAs machen in der Regel nur 1 bis 2 % der gesamten RNA aus. Wenn Ihre Proben von schlechter Qualität sind (z. B. FFPE-Material), kann die mRNA abgebaut sein. Dies würde zu mRNA-Fragmenten ohne PolyA-Schwänze führen, die dann nicht angereichert werden könnten. Wenn Sie eine schlechte Qualität erwarten, erhalten Sie möglicherweise bessere Daten für Ihre Forschungsfrage, indem Sie eine rRNA-Depletion auswählen.
rRNA-Depletion	Perlenbasierte rRNA-Depletion Ihrer Gesamt-RNA-Proben (HMR/Bakterien/Pflanzen)	Gesamte RNA abzüglich rRNA	Dieser Dienst zielt auf ribosomale RNA ab und entfernt sie aus der Gesamt-RNA. Normalerweise machen rRNAs ~90 % der gesamten RNA aus. Alle verbleibenden RNAs, einschließlich mRNA, tRNA, lncRNAs usw., werden angereichert und sequenziert.
Globin-Depletion	Perlenbasierte Depletion von Globin-mRNA Ihrer Proben	Gesamte RNA abzüglich Globin-mRNA	Dieser Dienst zielt auf Globin-mRNA ab und entfernt sie aus der Gesamt-RNA. Die verbleibenden RNAs werden angereichert und sequenziert. Dieser Dienst kann kombiniert werden mit: rRNA-Depletion oder PolyA-Anreicherung, min Probenzahl: 48

* nur für eukaryotische Proben

Library-Typen

Eukaryotische Standard-Library – mRNA wird poly-(A)-angereichert und fragmentiert. Die cDNA-Synthese erfolgt durch Random Priming mit Hexameren.
Prokaryotische Standard-Library – rRNA wird durch Ribo-Abreicherung entfernt. Die cDNA-Synthese erfolgt durch Random Priming mit Hexameren.
3'-Fragment-Library – RNA wird zunächst fragmentiert, dann wird die poly(A)+-mRNA angereichert. In dieser Library wird jedes Transkript nur durch ein kurzes 3'-Fragment repräsentiert; dies ergibt eine sehr tiefe und effiziente Expressionsanalyse.
Library mit FFPE-RNA – RNA-Isolierung aus Formalin-fixierten, Paraffin-eingebetteten (FFPE)-Proben mit optimierter Ribo-Abreicherung für eine zuverlässige Genexpressionsanalyse und SNP-Erkennung.
Strangspezifische Library – Markierung des zweiten Strangs mit dUTP dient der Erhaltung strangspezifischer Informationen während der Weiterverarbeitung